직업군으로는 전사, 마법사, 궁수, 도적으로 4개의 직업 계열만 있었다. 궁수는 클로즈 베타 1.0.003 패치 때 추가되었고, 초기에는 '마법사'가 '마술사', '도적'이 '도둑'이었던 등 직업 이름이 조금 달랐던 흔적이 있다. 각 전직에는 레벨이 쌓인 뒤에 할 수 있는 2차, 3차, 4차 전직이 있다. 빅토리아 아일랜드에는 각 직업을 대표하는 마을이 존재하는데, 페리온은 전사를 담당하고, 엘리니아는 마법사, 헤네시스는 궁수, 커닝시티는 도적을 담당했다. 추후 2007년 말 새로운 직업 계열로 해적이 추가되어 직업이 총 5개가 됨에 따라 새로운 마을 노틸러스가 추가되고 이 마을이 해적을 담당하게 되었다.

전사는 강력한 힘과 높은 체력, 궁수는 민첩성과 명중률, 마법사는 지력과 마나, 도적은 운과 기동성이라는 직업군 간의 개성이 명확했으며 직업별로 육성 방식도 크게 차이가 났다. 2차 전직 이후에는 사용하는 무기에 따라 공략이 달랐으며, 특히 마법사는 2차 전직 때 속성이 존재했기 때문에 세부 전직별로 또 육성법이 전혀 달랐다. 전사는 좁고 몬스터 리젠이 잘 되는 맵이, 궁수는 넓은 일자형 맵이, 마법사는 공격 속성에 맞는 맵이, 도적은 지형을 이용할 수 있는 맵이 각광받았다. 물론 헤네시스 사냥터1 같은 국민 사냥터도 있었다. 스킬들 또한 직업별 특성에 잘 맞도록 구현되어 있었으며 마법사의 텔레포트, 도적의 픽파킷 같은 해당 직업의 이미지에 걸맞은 스킬들이 있었다. 이러한 강력한 개성이 유저들의 이목을 끌었으며 자기 성향에 따라 전혀 다른 플레이를 할 수 있었던 점이 인기의 원인 중 하나였다.

2008년 12월 시그너스 기사단이라는 새로운 직업군이 등장했다. 이 직업군은 레벨 20 이상의 모험가 캐릭터가 있어야 생성할 수 있었으나 차후 제한이 풀렸다. 모험가 외에는 없던 메이플스토리에서 처음으로 등장한 직업군이기에 새롭게 직업군 선택 화면이 생겼다. 캐릭터 생성 시 시그너스 기사단 생성 버튼이 색칠 되어져 먼저 뜨게 되고, 모험가는 회색으로 칠해져 있었기 때문인지 모험가가 없어졌다고 생각하는 사람이 있기도 했었다. 직업은 지금과 마찬가지로 소울마스터(전사), 윈드브레이커(궁수), 플레임위자드(마법사), 나이트워커(도적), 스트라이커(해적)가 있었고, 만렙이 120으로 기존 직업보다 낮은 대신 레벨업 속도가 조금 더 빨랐다. 시그너스 기사단은 정령의 축복이라는 특수 패시브 스킬이 생겨 기존 캐릭터와 연결하고 난 후 기존 캐릭터가 레벨 10씩 오를 때마다 스탯 보너스를 얻게 된다. 즉, 본 캐릭터가 레벨이 10씩 오를 때마다 시그너스 캐릭터의 정령의 축복 스킬이 1 오르고, 시그너스 캐릭터의 레벨이 10 오르면 본 캐릭터의 정령의 축복 스킬이 1 올라간다. 사실 고레벨 유저들이 본 캐릭터를 키우다가 질려서 키우던 부캐를 공식 시스템으로 추가시킨 것이다.

2009년 7월 아란을 시작으로 메이플스토리의 캐릭터 시스템은 초보자에서 차후 전직을 선택하는 것이 아닌 하나의 인물을 성장시키는 개념으로 변화했고, 이후 2009년 12월 에반, 2010년 2월 듀얼블레이드에도 계속 이어졌다.